生物工程专业，2002年开始招生，目前，主要为生物制药和发酵工程二个方向，2004年生物工程专业被评为省级重点专业，2009年被评为国家特色专业。  

本专业学生主要学习微生物、生物化学、分子生物学和化学工程、基因工程、发酵工程等方面的基本理论和、生物细胞培养与选育、生物技术与工程等方面的基本训练，具备在生物技术与工程领域从事设计、生产管理和新技术研究、新产品开发的基本能力，培养掌握生物制药技术和发酵工程领域基础理论和基本知识，具备分子生物学、基因工程、微生物学、发酵工程、细胞工程、蛋白质及酶工程、生物技术制药等方面生产、研发的基本技能和方法，能在生物制药和发酵工程相关企业从事生产、管理、营销以及辅助研发工作的应用型高级专门人才。                                           

生物工程专业现有专任教师17人，其中教授4人，副教授6人，占专任教师的59%；中级7人，占专任教师的41%，在本科段或研究生阶段受过本专业系统教育（不含进修）的专任教师占本专业专任教师的比例达到95%，所有专任教师都是非本校培养的，平均每位教师每周纯授课不超过8课时；副教授以上教师每学年都为本科生完整讲授一门专业课；主讲教师均具有讲师以上职称或硕士以上学位，师资队伍整体结构合理，能够较好地适应专业建设发展的需要。师资队伍中，博士3人，占专任教师的18%，国务院特殊津贴获得者 1人，江西省中青年学科带头人 1人，江西省新世纪百千万人才工程人选1人。 近三年来本专业专任教师共承担科研项目28项，其中主持国家自然科学基金项目3项，省自然科学基金或科技计划和省教育厅项目11项，市级项目14项和省级教改课题9项；发表各级论文50多篇，其中SCI引录的1篇，中文核心刊物40篇。    

本专业在实践教学中，开设了生物工程综合实验、生物工程实训等课程，建立了生物工程专业创新创业实践教育课程体系和校外实践基地，构建实践教学时数占教学时数的30%，使学生的理论基础知识在实践教学中得到了提高，也为适应社会打下了基础。建立了啤酒仿真等实践教学模式，加强学生综合理解能力并将书本和课堂理论知识转化为生产实践应用。

生物工程专业毕业生能在生物技术领域从事设计、生产、管理、销售和新技术、新产品研究等工作。2016届毕业生初次就业率为91.18%，考研录取率为58.33%。